南京军区福州总医院由院本部、莆田九五临床部、宁德442临床部、福州476临床部组成。医院院本部位于福州市西侧,毗连西湖、左海公园,交通便利,依山傍水、绿树成荫、空气新颖、鸟语花香,是全军“文化卫生营院”和“园林式营院”以及福建省“福建省花园式单位”、“福建省卫生先进单位”、“福建省绿化环保先进单位”。

南京军区福州总医院重视科学化管理工作,1998年以来,医院建立了以信息技术开发和推广应用为主要内容的国家金卫工程"军字一号",有25台服务器、1500多个计算机工作站联网并正常运行,使全院日常医疗、护理、教学、办公实现数字化。各类信息系统,如医院信息系统(HIS)、医学图像传输与存贮系统(PACS)、临床检验信息系统(LIS)、麻醉信息系统、心电监护系统、心电图信息系统、办公自动化系统(OA)均实现无缝联接,初步建成数字化医院。2005年,医院被评为全军五家数字化医院试点单位之一,已申请成为全国十家数字化医院试点单位之一,有望取得成功。