首都医科大学附属北京友谊医院原名为北京苏联红十字医院，始建于1952年。是新中国成立后，在苏联政府和苏联红十字会援助下，由中国政府建立的第一所大医院。1954年，医院从甘水桥旧址迁入现址。毛泽东主席、刘少奇副主席、周恩来总理、朱德委员长特为医院亲笔题词。1957年3月，苏联政府将医院正式移交我国，周总理亲自来院参加了移交仪式。1970年，周总理亲自为医院定名为“北京友谊医院”。 2014年10月23日，科技部、国家卫生计生委、总后勤部卫生部认定首都医科大学附属北京友谊医院为国家消化系统疾病临床医学研究中心。