黑龙江中医药大学附属第二医院的前身为成立于1963年的黑龙江中医学院附属医院门诊部,1992年成立黑龙江中医学院附属第二医院,并在全国中医院校中率先实行“院系合一”管理体制,1997年,更名为“黑龙江中医药大学针灸推拿学院暨附属第二医院”,2011年,黑龙江中医药大学康复医学院成立,落户我院。是集医疗、教学、科研于一体,突出中医针灸、推拿、康复特色的综合性三级甲等中医医院,黑龙江省针灸推拿康复医疗中心,全国中医中风病医疗中心建设单位、国家首批重点中医院(现代化中医医院)建设单位,国家中医医院中医药文化建设试点单位。

医院占地面积8500余平方米,总建筑面积42591平方米,设有针灸、推拿、康复、骨伤、内、外、妇、儿等41个临床科室,医技科室5个,三个中心,编制床位800张,开放床位床位996张。医院现有员工937名,专业技术人员455名。高职专家教授149人,享受国务院、省政府特殊津贴5人,省级优秀中青年专家2人,省卫生系统有突出贡献中青年专家7人,省级名中医15人,博士、硕士研究生导师91人。